Die Anfänge
An einer wichtigen Fernhandelsstraße wird der "neue Markt" gegründet.
Ein genaues Gründungsdatum Neumarkts ist nicht überliefert. Eine erste Siedlung unweit der älteren königlichen Hofmark Berngau dürfte sich Mitte des 12. Jahrhunderts etabliert haben, wahrscheinlich im Zuge der Verlagerung der Handelswege.
Die Gründung eines Marktes - lateinisch wurde Neumarkt stets novum forum (Neuer Markt) genannt - erfolgte an einer wichtigen Route des Fernhandelsverkehrs. Der "neue Markt" lag am Verbindungsweg zwischen Nürnberg, dem Mittelpunkt des salisch-staufischen Reichslandes und Regensburg, der ältesten Fernhandelsstadt Süddeutschlands. Bereits 1146 wurde dort an der Donau eine der Hauptverkehrsadern Europas, die Steinerne Brücke, als einziger fester Donauübergang zwischen Ulm und Wien fertiggestellt.
Die Anlage Neumarkts mit einem breiten Straßenmarkt entlang der Mittelachse des gesamten Siedlungsraumes ist typisch für bayerische Städtegründungen des 12. und 13. Jahrhunderts. Mit den beiden senkrecht dazu ausgerichteten Querachsen von Hallertorstraße und Klostergasse ergibt sich eine Aufteilung in vier Viertel, die wiederum in ein Netz aus weitgehend parallel und senkrecht angeordneten Gassen unterteilt werden. Im Zentrum befindet sich das Rathaus sowie - ein wenig zurückversetzt - die Stadtpfarrkirche St. Johannes. Ein Tor wird erstmals 1239 erwähnt, die Stadtbefestigung selbst erst 1315.
Erste urkundliche Erwähnung
Die bisher als erste urkundliche Erwähnung angesehenen Nennungen in den Traditionsbüchern der Klöster Prüfening (ca. 1135) und Reichenbach (ca. 1160) dürften nach neuesten wissenschaftlichen Erkenntnissen dem "novum forum Camb" (1210 belegt), einem neuen Markt bei Cham zugeordnet werden müssen, dessen Gegenstück auch heute noch als Altenmarkt (erstmals 1135 belegt) auch heute noch als Stadtteil Chams besteht.
Für die frühe Ortsgeschichte gewinnt die in einer Eichstätter Quelle überlieferte Weihe einer Kirche in "nivwenmarchet" um 1185 neues Gewicht. Da Kirche und der dazugehörige Ort zu diesem Zeitpunkt bereits länger bestanden haben müssen, kann eine Besiedelung bereits um 1160 angenommen werden, höchstwahrscheinlich ist der Ort noch älter. Gesicherte urkundliche Belege sind derzeit jedoch nicht bekannt.
Die erste gesicherte urkundliche Nennung Neumarkts stellt die Urkunde Kaiser Friedrichs II. aus dem Jahr 1235 dar. In ihr wird Nürnberger und Neumarkter Kaufleuten gegenseitige Zollfreiheit gewährt, beide Städte werden auch als gleichwertig beschrieben. Erstmals werden die Begriffe cives (Bürger) für die Einwohner Neumarkts und civitas (Stadt) für das Gemeinwesen genannt.
Während der Herrschaft des Stauferkaisers Friedrich II. unterstand die Stadt unmittelbar dem Reich. Da im 13. Jahrhundert vielfach eine Vermischung von staufischem Hausgut und Reichsgut vollzogen worden war, kam es nach dem Tod des letzten Staufers Konradin zu Unstimmigkeiten zwischen den wittelsbachischen Erben und dem deutschen König über die Zugehörigkeit Neumarkts. Infolge der wiederholten Verpfändungen gelang es Neumarkt jedoch nicht, den Status einer Reichsstadt zu behaupten.
Neumarkt gelangt in die Hände der Wittelsbacher und wird bei der Teilung des Territoriums 1329 der Pfalz am Rhein zugesprochen.
Mit dem Tode des letzten Staufers im Jahre 1268 gelangte Neumarkt in die Hände der Wittelsbacher. Konradin hatte seine Onkel, die Herzöge Ludwig und Heinrich von Bayern, zu seinen Erben bestimmt. Ein Jahr später teilten diese das staufische Erbe, wobei Neumarkt und Berngau Ludwig zugesprochen wurden. König Rudolf von Habsburg bestätigte 1274 diese Erwerbung.
Dennoch gab es in der Folge seitens des deutschen Königs mehrfach Bestrebungen, die einst dem Reich zugehörigen Güter zurückzugewinnen. Adolf von Nassau forderte zunächst von Ludwig einen Teil des staufischen Erbes zurück, darunter auch Neumarkt und Berngau. Um jedoch das versprochene Heiratsgut seiner Tochter Mechthild aufzubringen, war er am 17. Juli 1297 gezwungen, diese Besitzung samt zugehöriger Rechte an seinen neuen Schwiegersohn, Herzog Rudolf I. von Bayern, den Sohn Ludwigs, zu verpfänden. Ein Jahr später wurde Adolf von Nassau gestürzt und Albrecht I. von Habsburg am 27. Juni 1298 zum König gewählt.
Im Zuge seiner entschlossenen Politik, den Einfluss der Kurfürsten zurückzudrängen, forderte Albrecht I. die verpfändeten Reichsgüter ein. Herzog Rudolf I. verweigerte jedoch zunächst die Herausgabe. Albrecht I. konnte Neumarkt wieder für das Reich gewinnen und verlieh der Stadt 1301 dieselben Rechte und Vergünstigungen, wie Nürnberg sie innehatte.
Nach der Ermordung König Albrechts I. am 1. Mai 1308 erklärte sein Nachfolger Heinrich VII. von Luxemburg einen Tag nach seiner Königswahl am 27. November 1308 Herzog Rudolfs I. Ansprüche auf Neumarkt für berechtigt. Der guten Verbindungen zum Hause Luxemburg hatte sich Rudolf schon zuvor durch die Verlobung seines ältesten Sohnes mit der Tochter des neuen Königs versichert.
Trotz der wiederholten Bestätigungen ihrer alten Rechte, wie etwa durch König Ludwig 1316, durch König Ruprecht 1401, durch König Sigismund 1417, durch König Friedrich III. 1442 und zuletzt durch Kaiser Karl V. 1521, verblieb die Stadt Neumarkt seit dem Jahre 1308 in den Händen der Wittelsbacher. Unmittelbar nach dem Tod Albrechts I. hatte die Stadt am 23. Mai 1308 gegen die jährliche Entrichtung von 200 Pfund Heller ihre Rechte und Freiheiten von den Herzögen Rudolf I. und Ludwig IV. zugesichert bekommen. In Anerkennung ihrer neuen Landesherren huldigten die Neumarkter den Wittelsbachern, doch mit dem Vorbehalt "dem Heiligen Römischen Reich in seiner Eigenschaft und an allen unseren Freyheiten und gutten gewonheiten unendgolten."
Als nach dem Tode Rudolfs I. die Teilung der wittelsbachischen Lande unter Ludwig IV. und seinen Neffen 1329 im Hausvertrag von Pavia erfolgte, wurden Neumarkt und Berngau den wittelsbachischen Besitztümern zugerechnet. Mit diesem Vertrag wurden zwei voneinander unabhängige Fürstentümer geschaffen: Das Herzogtum Bayern und die Pfalzgrafschaft am Rhein, welcher auch ein Teil des Nordgaus, die spätere Obere Pfalz, zugesprochen wurde. Neumarkt und Berngau gehörten fortan bis zum Verlust der Oberpfalz durch Friedrich V. 1628 zur pfälzischen, der sogenannten rudolfinischen Linie des Hauses Wittelsbach.